Микросхему можно прошивать прямо в собранной плате. Собранной и
включенной. Для этого на плате делается разъем под программатор.
Я использую программатор AVReal Редчука. Как прошивать другими
программаторами дать точного совета не могу, поэтому не буду
советовать
Для AVReal использую командный файл. Посылаю два файла, один для
программирования фьюзов. А другой для программирования фьюзов и
программирования самой программы..